1、试剂储存和准备区。贮存试剂和用于标本制备的消耗品等材料应当直接运送至试剂贮存和准备区，不能经过扩增检测区，试剂盒中的阳性对照品及质控品不应当保存在该区，应当保存在标本制备区；
2、标本制备区。由于在样本混合、核酸纯化过程中可能会发生气溶胶所致的污染，可通过在本区内设立正压条件，避免从邻近区进入本区的气溶胶污染。为避免样本间的交叉污染，加入待测核酸后，必须盖好含反应混合液的反应管。对具有潜在危险性的材料，必须在生物安全柜内开盖，并有明确的样本处理和灭活程序；
3、扩增区。为避免气溶胶所致的污染，应当尽量减少在本区内的走动。必须注意的是，所有经过检测的反应管不得在此区域打开；
4、扩增产物分析区。本区是的扩增产物污染来源，因此必须注意避免通过本区的物品及工作服将扩增产物带出。废液及用过的吸头必须收集至HCl中，不能在实验室内倾倒，浸泡后再放到垃圾袋中按程序处理。由于本区有可能会用到某些可致基因突变和有毒物质如化乙锭、酰胺、甲醛或性核素等，故应当注意实验人员的安全防护；
5、注意物品流向，依次为：试剂准备区、样本制备区、扩增区、产物分析区，不可逆行；
6、试剂准备区、样本制备区和扩增区内的实验用品应，并设置不同的标识、颜色等予以区分。
现实生活中，我们可以通过开窗通风、佩戴口罩等防护用品来降低气溶胶传播风险。类似地，目前PCR实验室主要通过以下措施来防范和控制实验室污染：
（1）建设独立的PCR实验室，按试剂准备区、样本制备区、扩增及产物分析区进行严格分区，把低污染风险操作和高污染风险操作在空间上隔离开来。
（2）打造专门的负压通风系统，控制实验室空气从低风险区向高风险区单向流动，避免保存试剂被一次性全部污染。
（3）制定严格的实验室管理条例，控制人员物品单向流动，要求操作人员全程严格进行360度无死角全身防护。
（4）抬高实验人员门槛，需要经过上级单位规范培训、考核并获得“PCR上岗证”的人员方能上岗工作。
（5）PCR反应液分装保存，减少重复加样次数，降低试剂被污染风险。
（6）在PCR试验中加入内标、阴阳性对照等质控，监测检测结果，避免出现假阴性或假阳性。
（7）实验室温度控制在18~27℃，湿度控制在30%~70%。
（8）定期使用75%乙醇、含氯消毒剂和核酸去除剂及紫外线照射进行消毒等。
1.实验室空调通风系统设计及压力控制
PCR实验室并没有严格的净化要求，但是为避免各个实验区域间交叉污染的可能性，宜采用全送全排的气流组织形式。同时，要严格控制送、排风的比例以保证各实验区的压力要求。
2.污染的预防与控制
PCR实验室设计的问题是如何避免污染。在实际工作中，常见的有以下几种污染类型：扩增产物的污染；天然基因组DNA的污染；试剂的污染以及标本间的污染。由于一旦发生污染，实验就必须停止，直到找到污染源为止，而且实验结果必须作废，需重新进行实验。所以发生污染后再围绕实验室来寻找污染源不但耗时而且繁琐，浪费人力物力。因此要避免污染，首先应是预防，而不是排除。
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