PCR扩增检验实验室原则上分为四个单独的工作区域：试剂贮存和准备区、标本制备区、扩增反应混合物配制和扩增区、扩增产物分析区。为避免交叉污染，进入各个工作区域必须严格遵循单一方向进行，即只能从试剂贮存和准备区→标本制备区→扩增反应混合物配制和扩增区→扩增产物分析区。 各实验区之间的试剂及样品传递应通过传递窗进行。
临床PCR实验室设计的“16字口诀”：各区独立、注意风向、因地制宜、方便工作。
(1)在物理空间上，必须是完全相互独立的，各 区域无论是在空闲还是在使用中，应始终处于 完全的分隔状态; (2)不能有空气的直接相通。
1）确认意向，签订合同：客户需求了解，项目效益评估，装修现场条件评估。
2）建设规划，布局设计：指导分区布局设计和平面布置，装修现场评估。
3）筹建及施工：施工和设施安装指导。
4）实验室仪器设备配置：根据项目需求提供设备清单，协助/完成采购。
5）实验室布置：分区标识指导，物品布置指导。
6）人才技能培训：技术培训（可与实验室布置同步进行）
7）实验室验收：指导质量体系搭建、指导验收前准备、协助验收申办、验收过程陪同等。
仪器、试剂要求
仪器：必须三证齐全
试剂：必须NMPA批准
项目：新开展检测项目应有相应临床出具的评估报告；在技术审核前应进行方法学验证
实验人员要求
必须持有PCR上岗合格证，PCR 实验室操作人员至少2名；
通过参加省临床检验中心组织的临床基因扩增实验室技术人员上岗培训班获得上岗证，培训班内容包括理论培训和实验培训。
需要具备资格、培训、技能与业绩档案
需要有培训记录及实施记录：每人需有年度培训内容（包括外出学习、进修、内部质量手册学习、业务学习及新项目开展学习等）。
样本间交叉污染
主要是在采（取）样的过程中，由于取样工具之间的交叉造成污染；或者在核酸提取的过程中，由于移液器、离心管等使用不当导致的污染。
PCR试剂的污染
主要是在PCR试剂配制过程中，由于移液器、容器、阴性对照及其它试剂被核酸模板或阳性对照污染。
质粒的污染
在实验室操作中经常会用到阳性参考品，这些阳性参考品大多数是由某些质粒制作而成，质粒在单位容积内浓度高，不小心使用极易造成污染。
PCR扩增产物污染
这是PCR反应中常见的污染问题。因为PCR产物拷贝量大，远远高于PCR检测数个拷贝的极限，所以极微量的PCR产物污染，就可造成假阳性结果。还有一种容易忽视，可能造成PCR产物污染的形式是气溶胶污染，在空气与液体面摩擦时就可形成气溶胶，据计算一个气溶胶颗粒可含4.8万拷贝，因而由其造成的污染是一个值得特别重视的问题。
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