1、试剂储存和准备区。贮存试剂和用于标本制备的消耗品等材料应当直接运送至试剂贮存和准备区，不能经过扩增检测区，试剂盒中的阳性对照品及质控品不应当保存在该区，应当保存在标本制备区；
2、标本制备区。由于在样本混合、核酸纯化过程中可能会发生气溶胶所致的污染，可通过在本区内设立正压条件，避免从邻近区进入本区的气溶胶污染。为避免样本间的交叉污染，加入待测核酸后，必须盖好含反应混合液的反应管。对具有潜在危险性的材料，必须在生物安全柜内开盖，并有明确的样本处理和灭活程序；
3、扩增区。为避免气溶胶所致的污染，应当尽量减少在本区内的走动。必须注意的是，所有经过检测的反应管不得在此区域打开；
4、扩增产物分析区。本区是的扩增产物污染来源，因此必须注意避免通过本区的物品及工作服将扩增产物带出。废液及用过的吸头必须收集至HCl中，不能在实验室内倾倒，浸泡后再放到垃圾袋中按程序处理。由于本区有可能会用到某些可致基因突变和有毒物质如化乙锭、酰胺、甲醛或性核素等，故应当注意实验人员的安全防护；
5、注意物品流向，依次为：试剂准备区、样本制备区、扩增区、产物分析区，不可逆行；
6、试剂准备区、样本制备区和扩增区内的实验用品应，并设置不同的标识、颜色等予以区分。
1、清理废液缸并且对废液缸用有效氯含量为 2000mg/L 消毒水浸泡消除核酸污染；
2、用有效氯含量为 2000mg/L 消毒水对移液进行擦洗，关键部位为移液前端易污染部位，清洁干净后用洁净水再擦拭一遍；
3、将离心管架、扩增管架、扩增管架底板、吸嘴盒及其他相关物品用有效氯含量为 500mg/L 的消毒水浸泡 2 小时后，用清水冲洗干净晾干后使用；
4、对污染区域内的设备如扩增仪、全自动提取仪等，使用核酸气溶胶污染清除剂进行反复处理；对生物安全柜等含有空气过滤系统的设备，需更换过滤网；
5、用有效氯含量为 500mg/L 的消毒液对整个实验室（地板、墙面、天花板、门、窗户等地方）进行清洁，并且用用有效氯含量为 1000mg/L的消毒水对实验室进行喷雾消毒(重点部位为操作区)，有效降解空气中的气溶胶与附着在实验台表面的核酸污染；同时加大通风量（内循环无用，尽可能外循环）；
6、待污染区域及设备器件清理完成后，常用设备和操作台面使用移动紫外消毒车近距离辐照1小时；实验室内则使用室内紫外灯整晚辐照。
步骤1- 6 必须坚持每天进行，确保消除实验室污染；
PCR扩增检验实验室原则上分为四个单独的工作区域：试剂贮存和准备区、标本制备区、扩增反应混合物配制和扩增区、扩增产物分析区。为避免交叉污染，进入各个工作区域必须严格遵循单一方向进行，即只能从试剂贮存和准备区→标本制备区→扩增反应混合物配制和扩增区→扩增产物分析区。 各实验区之间的试剂及样品传递应通过传递窗进行。
临床PCR实验室设计的“16字口诀”：各区独立、注意风向、因地制宜、方便工作。
(1)在物理空间上，必须是完全相互独立的，各 区域无论是在空闲还是在使用中，应始终处于 完全的分隔状态; (2)不能有空气的直接相通。
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