实验结束后应该对操作台面，仪器，实验用具及环境进行清洁，这对污染的控制尤为重要。
1、实验后所有的试剂按照要求进行存放，废料和废液及时清理，避免存放过多和过久，废液缸用有效氯含量为2000mg/L消毒水浸泡消除核酸污染；
2、离心管架、试管架等可重复使用的物品浸泡到500mg/L 的消毒液中过夜，第二天用清水清洗后晾干使用；
3、对各区的生物安全柜、洁净工作台先用75%酒精或者500mg/L 的消毒液擦拭后采用紫外灯进行消毒处理；
4、配制含有效氯500mg/L的消毒液对设备表面、台面、地面、物品表面、传递窗内及门窗进行擦拭，再用纯化水对设备表面、台面、进行擦拭，避免消毒液对实验器具的腐蚀，仪器如核酸提取仪采用内部紫外消毒程序进行照射；
5、操作台面使用移动紫外消毒车近距离辐照1小时，应使灯管距离工作区的距离在60-90cm；实验室内则使用室内紫外灯整晚辐照。
PCR实验室中的气溶胶污染来源于两个过程：样本制备过程和PCR扩增过程。
在样本制备过程中，样本液体面与空气摩擦就可形成气溶胶，在操作时比较剧烈地摇动反应管、开盖时、吸样时及加样器的反复吸样都可能形成气溶胶而污染；PCR扩增过程可以引起实验室中扩增产物的累积，通常一次典型的PCR扩增可以产生109拷贝的靶序列，如果气溶胶化，甚至的气溶胶都会含有106拷贝的扩增产物。
如果不加以控制，在短期内累积的气溶胶化扩增产物就会污染实验室中的试剂、仪器设备和通风系统，造成严重的实验室污染，导致检验样本出现假阳性结果，使临床做出错误的判断和决策，进而引发后续一系列的事故和恐慌。
PCR扩增检验实验室原则上分为四个单独的工作区域：试剂贮存和准备区、标本制备区、扩增反应混合物配制和扩增区、扩增产物分析区。为避免交叉污染，进入各个工作区域必须严格遵循单一方向进行，即只能从试剂贮存和准备区→标本制备区→扩增反应混合物配制和扩增区→扩增产物分析区。 各实验区之间的试剂及样品传递应通过传递窗进行。
临床PCR实验室设计的“16字口诀”：各区独立、注意风向、因地制宜、方便工作。
(1)在物理空间上，必须是完全相互独立的，各 区域无论是在空闲还是在使用中，应始终处于 完全的分隔状态; (2)不能有空气的直接相通。
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