PCR实验室应相对独立，尽量避免与其他普通实验套叠或者有通道上的交叉。看过一个图，他们的PCR实验室设置在检验科的里面，医废和标本的运送要穿过检验科的整个走廊，这种情况、物流、污物均在同一个通道，风险较高，应尽量避免。
设置区域：
PCR实验室应设置以下区域：试剂储存和准备区、标本制备区、扩增区、扩增产物分析区。这个4个区域在物理空间上必须完全独立，各区域无论是空间上还是在使用中，应当始终处于完全的分割状态，不能有空气的直接相通。根据使用仪器的功能，区域可以适当合并。每个区域间设置传递窗，要求一侧打开时另一侧无法打开。4个区域应设置独立的缓冲间，应设置可以通到四个操作区域的PCR走廊，在进入各区域前，应设置更衣间，每个区域的衣服可用不同颜色进行区分，在清洁区应设置洗澡间、卫生间、值班室。还应考虑到医废和标本的运送通道。
1.进入各工作区域应当按照单一方向进行，即试剂储存和准备区→标本制备区→扩增区→扩增产物分析区。
2.各区域的设备、清洁用具标记明确，不得混用。
3.各区域的衣服用不同颜色标记，离开各区域时不得将工作服带出。
4.试验台用移动式紫外线灯消毒，高度60-90cm。扩增区延长照射时间，是过夜照射。同时各区域还需安装悬挂式紫外线灯管。
5.各试验区尽量避免不必要的走动和进出，减少风险。
6.扩增产物分析区可能会用到某些可致基因突变和有毒物质，应特别注意实验人员的安全防护。
尽管扩增序列的残留污染大部分是假阳性反应的原因，样品间的交叉污染也是原因之一。因此，不仅要在进行扩增反应是谨慎认真，在样品的收集、抽提和扩增的所有环节都应该注意：
1.戴一次性手套，若不小心溅上反应液，立即更换手套；
2.使用一次性吸头，严禁与PCR产物分析室的吸头混用，吸头不要长时间暴露于空气中，避免气溶胶的污染；
3.避免反应液飞溅，打开反应管时为避免此种情况，开盖前稍离心收集液体于管底。若不小心溅到手套或桌面上，应立刻更换手套并用稀酸擦拭桌面；
4.操作多份样品时，制备反应混合液，先将dNTP、缓冲液、引物和酶混合好，然后分装，这样即可以减少操作，避免污染，又可以增加反应的度；
5.加入反应模板，加入后盖紧反应管；
6.操作时设立阴阳性对照和空白对照，即可验证PCR反应的可靠性，又可以协助判断扩增系统的可信性；
7.尽可能用可替换或可高压处理的加样器，由于加样器受产物气溶胶或标本DNA的污染，使用可替换或高压处理的加样器。
如没有这种特殊的加样器，至少PCR操作过程中加样器应该，不能交叉使用，尤其是PCR产物分析所用加样器不能拿到其它两个区；
8.重复实验，验证结果，慎下结论。
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