实验结束后应该对操作台面，仪器，实验用具及环境进行清洁，这对污染的控制尤为重要。
1、实验后所有的试剂按照要求进行存放，废料和废液及时清理，避免存放过多和过久，废液缸用有效氯含量为2000mg/L消毒水浸泡消除核酸污染；
2、离心管架、试管架等可重复使用的物品浸泡到500mg/L 的消毒液中过夜，第二天用清水清洗后晾干使用；
3、对各区的生物安全柜、洁净工作台先用75%酒精或者500mg/L 的消毒液擦拭后采用紫外灯进行消毒处理；
4、配制含有效氯500mg/L的消毒液对设备表面、台面、地面、物品表面、传递窗内及门窗进行擦拭，再用纯化水对设备表面、台面、进行擦拭，避免消毒液对实验器具的腐蚀，仪器如核酸提取仪采用内部紫外消毒程序进行照射；
5、操作台面使用移动紫外消毒车近距离辐照1小时，应使灯管距离工作区的距离在60-90cm；实验室内则使用室内紫外灯整晚辐照。
PCR扩增检验实验室原则上分为四个单独的工作区域：试剂贮存和准备区、标本制备区、扩增反应混合物配制和扩增区、扩增产物分析区。为避免交叉污染，进入各个工作区域必须严格遵循单一方向进行，即只能从试剂贮存和准备区→标本制备区→扩增反应混合物配制和扩增区→扩增产物分析区。 各实验区之间的试剂及样品传递应通过传递窗进行。
临床PCR实验室设计的“16字口诀”：各区独立、注意风向、因地制宜、方便工作。
(1)在物理空间上，必须是完全相互独立的，各 区域无论是在空闲还是在使用中，应始终处于 完全的分隔状态; (2)不能有空气的直接相通。
在一般情况下，高粉尘含量会致使干净度降低，而低粉尘含量容易导致洁净度。在净化车间的建设合同中，通常只会基本的空状态测试，而因时间紧迫，经常错过静态和动态测试。但仍建议承建商和业主在静态和动态条件下都对净化车间进行测试。可有效保证净化车间的建造符合相关设计要求。在静态和动态两种不同条件下的测试结果对比，分析净化车间存在的问题，并提供有效帮助。例如：在静态条件下，洁净度达标，但到了动态条件下，却超标。
因净化车间管理措施发生失误而致使：安装机器时，不标准的清洁，不恰当的清洁程序，不严格的纪律管理，不正确的机器放置位置（将回风口挡住，或对过滤器的送风阻断）等。因此，建议在空态和动态时，都要对净化车间进行测试。
所有的净化车间测试，基本都是基于国际认可标准上。 这些标准和实践为净化工厂的测试和认证提供了基本指导。事实上，净化车间的业主和承建商因产品，工艺要求对技术指标，测试方式，验收标准有着不同协议。因此，很多验收标准由净化车间的业主和承建商通过协商，并参考净化车间测试认证公司的建议达成协议。
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