样本间交叉污染
主要是在采（取）样的过程中，由于取样工具之间的交叉造成污染；或者在核酸提取的过程中，由于移液器、离心管等使用不当导致的污染。
PCR试剂的污染
主要是在PCR试剂配制过程中，由于移液器、容器、阴性对照及其它试剂被核酸模板或阳性对照污染。
质粒的污染
在实验室操作中经常会用到阳性参考品，这些阳性参考品大多数是由某些质粒制作而成，质粒在单位容积内浓度高，不小心使用极易造成污染。
PCR扩增产物污染
这是PCR反应中常见的污染问题。因为PCR产物拷贝量大，远远高于PCR检测数个拷贝的极限，所以极微量的PCR产物污染，就可造成假阳性结果。还有一种容易忽视，可能造成PCR产物污染的形式是气溶胶污染，在空气与液体面摩擦时就可形成气溶胶，据计算一个气溶胶颗粒可含4.8万拷贝，因而由其造成的污染是一个值得特别重视的问题。
1.进入各工作区域应当按照单一方向进行，即试剂储存和准备区→标本制备区→扩增区→扩增产物分析区。
2.各区域的设备、清洁用具标记明确，不得混用。
3.各区域的衣服用不同颜色标记，离开各区域时不得将工作服带出。
4.试验台用移动式紫外线灯消毒，高度60-90cm。扩增区延长照射时间，是过夜照射。同时各区域还需安装悬挂式紫外线灯管。
5.各试验区尽量避免不必要的走动和进出，减少风险。
6.扩增产物分析区可能会用到某些可致基因突变和有毒物质，应特别注意实验人员的安全防护。
1、温湿度
冬季18-24℃，夏季25-28℃，湿度40-70%。
2、空气过滤及气流组织要求
新风经热湿处理及三级(初效+中效+/亚)过滤后送入室内;各房间排风口单独设置或亚过滤器。
当房间无工艺设备排风时，可通过换气次数(工艺操作间换气次数为12~15次/h，缓冲间6~8次/h)计算得出房间送风量，然后根据缝隙法得出房间排风量;当房间有工艺设备(如生物安全柜)排风时，比较设备排风量与满足换气次数所需送风量，取两者之间的较大值(一般情况下，设备排风量较大)，然后可根据缝隙法得出房间送风量。根据以上计算风量为设计依据，由此可对新风机组、排风机组及附属的风管风口进行选型和计算。
气流组织上，PCR实验室空调系统通常采用上送下排式的非单向流送风方式。房间上部送风口尽量均匀布置，且与生物安全柜操作面或其他有气溶胶操作地点的正上方保持一定距离;房间下部利用室内排风夹道上设置的排风口排风，排风口底部距地面0.1m，排风夹道需设置于室内被污染风险的区域，排风口前面不应有障碍物遮挡。
3、压力控制
在空调系统各房间送风支管上设置压力无关型定风量阀，无工艺设备排风房间的排风支管上设置压力无关型定风量阀，从而恒定房间的风量以控制房间压力;在有工艺设备排风房间的排风支管上设变风量阀，根据房间内压差动作，以控制房间压力。需排风的工艺设备(如生物安全柜)排风支管上设变风量阀，根据设备开启度调节设备排风量。
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