实验结束后应该对操作台面，仪器，实验用具及环境进行清洁，这对污染的控制尤为重要。
1、实验后所有的试剂按照要求进行存放，废料和废液及时清理，避免存放过多和过久，废液缸用有效氯含量为2000mg/L消毒水浸泡消除核酸污染；
2、离心管架、试管架等可重复使用的物品浸泡到500mg/L 的消毒液中过夜，第二天用清水清洗后晾干使用；
3、对各区的生物安全柜、洁净工作台先用75%酒精或者500mg/L 的消毒液擦拭后采用紫外灯进行消毒处理；
4、配制含有效氯500mg/L的消毒液对设备表面、台面、地面、物品表面、传递窗内及门窗进行擦拭，再用纯化水对设备表面、台面、进行擦拭，避免消毒液对实验器具的腐蚀，仪器如核酸提取仪采用内部紫外消毒程序进行照射；
5、操作台面使用移动紫外消毒车近距离辐照1小时，应使灯管距离工作区的距离在60-90cm；实验室内则使用室内紫外灯整晚辐照。
①临床标本中存在的大量待测微生物或待测靶核酸
②科研中得到的质粒
③以前分析研究的特定微生物或靶核酸
④大量存在于实验环境中的特定微生物或靶核酸
⑤以前扩增产物的残留污染,这也是 PCR 实验室产生的将造成假阳性的“污染”。
PCR扩增可以引起实验室中扩增产物的累积,通常一次典型的PCR
扩增可以产生109拷贝的靶序列,如果气溶胶化,甚至的气溶胶都会含有106拷贝的扩增产物。如果不加以控制,在短期内累积的气溶胶化的扩增产物即会污染实验室中的试剂、仪器设备和通风系统,从而造成严重的实验室“污染”,出现大量的假阳性结果。
PCR实验室应相对独立，尽量避免与其他普通实验套叠或者有通道上的交叉。看过一个图，他们的PCR实验室设置在检验科的里面，医废和标本的运送要穿过检验科的整个走廊，这种情况、物流、污物均在同一个通道，风险较高，应尽量避免。
设置区域：
PCR实验室应设置以下区域：试剂储存和准备区、标本制备区、扩增区、扩增产物分析区。这个4个区域在物理空间上必须完全独立，各区域无论是空间上还是在使用中，应当始终处于完全的分割状态，不能有空气的直接相通。根据使用仪器的功能，区域可以适当合并。每个区域间设置传递窗，要求一侧打开时另一侧无法打开。4个区域应设置独立的缓冲间，应设置可以通到四个操作区域的PCR走廊，在进入各区域前，应设置更衣间，每个区域的衣服可用不同颜色进行区分，在清洁区应设置洗澡间、卫生间、值班室。还应考虑到医废和标本的运送通道。
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