实验结束后应该对操作台面，仪器，实验用具及环境进行清洁，这对污染的控制尤为重要。
1、实验后所有的试剂按照要求进行存放，废料和废液及时清理，避免存放过多和过久，废液缸用有效氯含量为2000mg/L消毒水浸泡消除核酸污染；
2、离心管架、试管架等可重复使用的物品浸泡到500mg/L 的消毒液中过夜，第二天用清水清洗后晾干使用；
3、对各区的生物安全柜、洁净工作台先用75%酒精或者500mg/L 的消毒液擦拭后采用紫外灯进行消毒处理；
4、配制含有效氯500mg/L的消毒液对设备表面、台面、地面、物品表面、传递窗内及门窗进行擦拭，再用纯化水对设备表面、台面、进行擦拭，避免消毒液对实验器具的腐蚀，仪器如核酸提取仪采用内部紫外消毒程序进行照射；
5、操作台面使用移动紫外消毒车近距离辐照1小时，应使灯管距离工作区的距离在60-90cm；实验室内则使用室内紫外灯整晚辐照。
PCR实验室设计的问题是如何避免污染。在实际工作中，常见的有以下几种污染类型:扩增产物的污染;天然基因组DNA的污染;试剂的污染以及标本间的污染。因此要避免污染，首先应是预防，而不是排除。
工作区域的严格划分，各个实验区域要有明显的标记(如醒目的门牌或不同的地面颜色等)，以避免各个不同实验区域设备物品、试剂等发生混淆。
合理的系统设置，合理的空调通风系统设置，尽量采用全送全排的空调系统;严格的气流压力控制，保证不同的实验区内不同的压力要求。
规范的操作，临床基因扩增检验实验室的技术人员必须进行上岗培训，在实验操作过程中，操作者必须戴手套，并经常更换。清洁工作及时、正确。实验工作结束后，必须立即对本区进行清洁。
严格的管理:严格控制进出实验室的人员。在各个实验区域使用带有明显区别标志的工作服(如不同颜色)，当工作人员离开时不得将本区的工作服带至其它区域;尽量减少在实验区内不必要的走动以减少交叉污染的可能性。扩增产物分析区是的扩增产物污染来源，废液不能在实验室中倾倒，必须经消毒液浸泡消毒后在远离实验室的地方弃掉，用过的吸头等一次性材料也应经消毒液浸泡消毒后统一处理，如焚烧等。总之，实验室建设是一个复杂的问题，这里不讨论人员的问题，实验室人员的培养与沉淀，也需要一个过程，在建设的过程中要因地制宜，不要生搬硬套，结合自己的实际慢慢摸索出适合自己发展的建设思路。科学合理建设实验室，更好的发挥实验室的作用。
1.进入各工作区域应当按照单一方向进行，即试剂储存和准备区→标本制备区→扩增区→扩增产物分析区。
2.各区域的设备、清洁用具标记明确，不得混用。
3.各区域的衣服用不同颜色标记，离开各区域时不得将工作服带出。
4.试验台用移动式紫外线灯消毒，高度60-90cm。扩增区延长照射时间，是过夜照射。同时各区域还需安装悬挂式紫外线灯管。
5.各试验区尽量避免不必要的走动和进出，减少风险。
6.扩增产物分析区可能会用到某些可致基因突变和有毒物质，应特别注意实验人员的安全防护。
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