现实生活中，我们可以通过开窗通风、佩戴口罩等防护用品来降低气溶胶传播风险。类似地，目前PCR实验室主要通过以下措施来防范和控制实验室污染：
（1）建设独立的PCR实验室，按试剂准备区、样本制备区、扩增及产物分析区进行严格分区，把低污染风险操作和高污染风险操作在空间上隔离开来。
（2）打造专门的负压通风系统，控制实验室空气从低风险区向高风险区单向流动，避免保存试剂被一次性全部污染。
（3）制定严格的实验室管理条例，控制人员物品单向流动，要求操作人员全程严格进行360度无死角全身防护。
（4）抬高实验人员门槛，需要经过上级单位规范培训、考核并获得“PCR上岗证”的人员方能上岗工作。
（5）PCR反应液分装保存，减少重复加样次数，降低试剂被污染风险。
（6）在PCR试验中加入内标、阴阳性对照等质控，监测检测结果，避免出现假阴性或假阳性。
（7）实验室温度控制在18~27℃，湿度控制在30%~70%。
（8）定期使用75%乙醇、含氯消毒剂和核酸去除剂及紫外线照射进行消毒等。
样本间交叉污染
主要是在采（取）样的过程中，由于取样工具之间的交叉造成污染；或者在核酸提取的过程中，由于移液器、离心管等使用不当导致的污染。
PCR试剂的污染
主要是在PCR试剂配制过程中，由于移液器、容器、阴性对照及其它试剂被核酸模板或阳性对照污染。
质粒的污染
在实验室操作中经常会用到阳性参考品，这些阳性参考品大多数是由某些质粒制作而成，质粒在单位容积内浓度高，不小心使用极易造成污染。
PCR扩增产物污染
这是PCR反应中常见的污染问题。因为PCR产物拷贝量大，远远高于PCR检测数个拷贝的极限，所以极微量的PCR产物污染，就可造成假阳性结果。还有一种容易忽视，可能造成PCR产物污染的形式是气溶胶污染，在空气与液体面摩擦时就可形成气溶胶，据计算一个气溶胶颗粒可含4.8万拷贝，因而由其造成的污染是一个值得特别重视的问题。
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