实验结束后应该对操作台面，仪器，实验用具及环境进行清洁，这对污染的控制尤为重要。
1、实验后所有的试剂按照要求进行存放，废料和废液及时清理，避免存放过多和过久，废液缸用有效氯含量为2000mg/L消毒水浸泡消除核酸污染；
2、离心管架、试管架等可重复使用的物品浸泡到500mg/L 的消毒液中过夜，第二天用清水清洗后晾干使用；
3、对各区的生物安全柜、洁净工作台先用75%酒精或者500mg/L 的消毒液擦拭后采用紫外灯进行消毒处理；
4、配制含有效氯500mg/L的消毒液对设备表面、台面、地面、物品表面、传递窗内及门窗进行擦拭，再用纯化水对设备表面、台面、进行擦拭，避免消毒液对实验器具的腐蚀，仪器如核酸提取仪采用内部紫外消毒程序进行照射；
5、操作台面使用移动紫外消毒车近距离辐照1小时，应使灯管距离工作区的距离在60-90cm；实验室内则使用室内紫外灯整晚辐照。
尽管扩增序列的残留污染大部分是假阳性反应的原因，样品间的交叉污染也是原因之一。因此，不仅要在进行扩增反应是谨慎认真，在样品的收集、抽提和扩增的所有环节都应该注意：
1.戴一次性手套，若不小心溅上反应液，立即更换手套；
2.使用一次性吸头，严禁与PCR产物分析室的吸头混用，吸头不要长时间暴露于空气中，避免气溶胶的污染；
3.避免反应液飞溅，打开反应管时为避免此种情况，开盖前稍离心收集液体于管底。若不小心溅到手套或桌面上，应立刻更换手套并用稀酸擦拭桌面；
4.操作多份样品时，制备反应混合液，先将dNTP、缓冲液、引物和酶混合好，然后分装，这样即可以减少操作，避免污染，又可以增加反应的度；
5.加入反应模板，加入后盖紧反应管；
6.操作时设立阴阳性对照和空白对照，即可验证PCR反应的可靠性，又可以协助判断扩增系统的可信性；
7.尽可能用可替换或可高压处理的加样器，由于加样器受产物气溶胶或标本DNA的污染，使用可替换或高压处理的加样器。
如没有这种特殊的加样器，至少PCR操作过程中加样器应该，不能交叉使用，尤其是PCR产物分析所用加样器不能拿到其它两个区；
8.重复实验，验证结果，慎下结论。
无尘车间相对来说是一个特殊的空间，对于各行各业生产加工或者，对于室内空间都有特别严格的要求；没有得到相关的允许和准备，根本进不去。那要进入无尘车间的人员需要具备什么资格呢？
一、严禁未经核准人员进入无尘车间；
二、进入无尘车间人员需遵守洁净室之安全规定；
三、尚未被认可的员工、外宾及承揽商须进入无尘车间者，应先报备申请批准，并应有合格人员陪同在场始得进入；
四、经训练合格及主管审核后之人员得进入无尘车间；
五、凡违反上述规定给公司造成的经济上损失者将根据损失情况，给予相应处罚。如因原因特殊需进入无尘车间的人员，需要进行以上资格申请。
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